В горах региона на сравнительно небольшой территории произрастает более тысячи видов растений, разнообразие видов которых впечатляет. согласно данным Института Российской Академии наук в горах Кавказских Минеральных Вод произрастает несколько десятков реликтовых растений и более сотни лекарственных! Следует отметить Бештаугорский лесной массив с его насаждениями бука, каштана, остролистного клена, липы, ивы, вербы, ольхи, орешника, боярышника и других видов растений, живописными субальпийскими полянами и лесными массивами с редкими и исчезающими видами растений. Весной тут оживают и зацветают степные долины и нижние склоны гор, в лесах распускаются фиалки, первоцвет, а в степи - шафран, гиацинты и желтые адонисы.

В регионе господствуют сложные многоярусные широколиственные леса, очень распространены кустарники. Среди деревьев можно встретить буковые, маслиновые, ильмовые, лещиновые, кленовые, розовоцветные и другие семейства, дубы черешчатый и меловой, ясень обыкновенный, ильмы граболистный, шершавый, граб кавказский и другие. Кустарники представлены жимолостными, бересклетовыми, маслиновыми, розовоцветными. На опушках и полянах встречается плодоносящая растительность - шиповник, ежевика кавказская, малина, рябина.

Также в регионе разнообразна декоративная и садово-плодовая растительность. Стоит выделить Ореховую рощу на западном склоне горы Машук. Эта роща является одной из главных достопримечательностей Кавказских Минеральных Вод. Тут огромное количество садов, виноградников, огородов, парков. Природными музеем считается Перкальский дендрологический питомник, располагающийся на северо-восточном склоне горы Машук.

Среди редких и исчезающих видов можно отметить пырей ковылелистный, ковыль красивейший и кавказский, асфоделину тонкую, подснежник кавказский, касатик ненастоящий и вильчатый, шафран сетчатый, ятрышник мясокрасный, и другие.

В лесах и степях много лис, барсуков, ласок, зайцев-русаков. Также встречаются хомяки, ежи, степные хорьки, мыши-полевки и тушканчики. Иногда можно встретить змей и крупных ящериц, особенно на склонах гор. В степной части региона водятся зайцы-русаки и тушканчики, а также серые хомячки, ежи и мыши-полевки. Встречаются и хищники - степной хорек, ласка, лисица, волк. В городах, особенно в парках, живут белки.

Регион отличается большим разнообразием видов птиц. Тут водятся белоголовые орланы, ястребы, соколы, коршуны, кобчики, синицы, дрозды, дятлы, пеночки, козодои, сойки, сарычи, зорянки. Много жаворонков, перепелов, овсянок, особенно в степных районах. В поймах рек встречаются фазаны, камышевки, желтые трясогузки, кулики, утки. Также в регионе гнездится много перелетных птиц. Большое разнообразие пернатых встречается в городских парках.

В городах региона Кавказских Минеральных Вод обитают скворцы, ласточки, воробьи, голуби, фазаны, белолобые дрозды, горные ласточки и вороны. Иногда встречаются камышовки, кулики, коростели, желтые куропатки и черные стрижи. В горах вьют свои гнезда черные стрижи, альпийские галки, орлы, соколы, белоголовые сипы, каменные куропатки.

В реках водится много мелкой рыбы - пескарей, плотвы, усачей и других видов.